1、扣，但还是有病假工资。
2、在国家规定的医疗期内的，用人单位应当按照不低于本人正常工作时间工资的60%支付员工病伤假期工资，但不能低于最低工资标准的80%。
3、法律依据：《劳动合同法》第四条 【规章制度】用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。
用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
病假工资的基数按照以下三个原则确定：
1、劳动合同有约定的，按不低于劳动合同约定的劳动者本人所在岗位(职位)相对应的工资标准确定。集体合同(工资集体协议)确定的标准高于劳动合同约定标准的，按集体合同(工资集体协议)标准确定。
2、劳动合同、集体合同均未约定的，可由用人单位与职工代表通过工资集体协商确定，协商结果应签订工资集体协议。
3、用人单位与劳动者无任何约定的，假期工资的计算基数统一按劳动者本人所在岗位(职位)正常出勤的月工资的70%确定。此外，按以上三个原则计算的假期工资基数均不得低于本市规定的最低工资标准。
网络上经常有人吐糟上班因迟到被工资罚款，那么我们今天来看看公司的这种罚款行为是否合法。目前很多公司为了提高员工的出勤积极性，实现严格管理的表象，就设置了“以扣代管”的规章制度，如迟到早退罚款、因病假不发工资等。首先，像请假一天扣两天工资的情况，是公司
此外，按以上三个原则计算的假期工资基数均不得低于本市规定的最低工资标准。
①请事假累计20天以上且单位按照规定不扣工资;②职工依法享受寒暑假，其休假天数多于年休假天数；③累计工作满1年不满10年的职工，请病假累计2个月以上的；但对于员工主动提出离职的，并且是违法解除劳动合同的，这种情况用人单位就无需支付员工当年度应休未休年休假的
上述(一)、(二)、(三)项工作人员中，获得省、市、自治区人民政府和国务院各部门授予的劳动英雄、劳动模范称号，仍然保持荣誉的，病假期间的工资，经过省、市、自治区人民政府和国务院各部门批准，可以适当提高。
