1、民事诉讼中，适用指定管辖的情形如下：
(一)受移送的人民法院认为受移送的案件依照规定不属于本院管辖的，应当报请上级人民法院指定管辖，不得再自行移送。
(二)有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。
(三)人民法院之间因管辖权发生争议，由争议双方协商解决;协商解决不了的，报请它们的共同上级人民法院指定管辖。
2、法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》
第三十八条 有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。
人民法院之间因管辖权发生争议，由争议双方协商解决;协商解决不了的，报请它们的共同上级人民法院指定管辖。
管辖权异议书应向受理该案的人民法院提出。受理该案的法院对该案进行实体审理以前，应先审议当事人对管辖权提出的异议，就对该案是否有管辖权问题作出书面裁定。
对于满足上述形式要件的管辖权异议，人民法院应慎重地进行实质审查。经审查认为异议成立的，由受诉人民法院作出裁定，将案件移送有管辖权的人民法院审理，经审查认定异议不成立的，则裁定驳回。在审查决定作出前，应停止对本案的实体审理。
法院对案件作出的判决发生法律效力后，如果当事人对驳回管辖权异议的裁定和判决一并申诉或申请再审的，法院经过复查，发现管辖虽有错误，但判决正确的，管辖问题不再变动;如经复查，认为管辖和判决均有错误，应按审判监督程序处理。经过再审或者提审，原判决和裁定均被撤销的，应将案件移送有管辖权的人民法院审理。如果人民法院未改变案件的管辖问题，当事人则有权对案件的管辖提出异议。
被告人对上级指定管辖的案件能否提出异议的问题。新疆某工程建设有限责任公司起诉十四师水利建管处后，又提出管辖权异议，但被法院裁定驳回。文章详细阐述了管辖权异议和指定管辖的概念及相关规定，并分析了本案是否构成管辖权异议申请或指定管辖申请。最后，文章强调了
指定管辖决定书的撰写方式及相关规定。内容包括上级人民法院指定管辖的方式和分类，以及相关的法律解释和规定。涉及刑事案件管辖权的确定、管辖权的改变、移送案件等情形，并详细说明了指定管辖决定书的具体内容和要求。
我国民事诉讼中在二审期间是否允许提出管辖权异议的问题。根据法律规定，原则上不允许在二审期间提出管辖权异议，但涉及到级别管辖和专属管辖的特殊情况例外。当事人未在法定期限内提出异议并应诉答辩，法院将认定受诉法院具有管辖权。但需注意，此原则不适用于违反级别
特殊情况下人民法院管辖权的行使和争议解决方式。当无法行使管辖权时，上级法院会指定另一法院行使；如发生管辖权争议则双方应协商解决，无果则向上级法院报告并由其指定。上级法院有权审理下级法院管辖的第一审民事案件，或根据需要将案件交由下级法院审理并需报请批准
