原告主张被告违反《人民调解协议书》，要求被告填埋水井、清除晒*坪，恢复原状。然而，根据法律规定，人民调解协议书具有民事合同性质，如果被告违约，只需承担违约责任，而不包括排除防碍、恢复原状等内容。此外，原告诉请的案由是“协议履行纠纷”，但诉讼请求却包括侵权责任内容，违反了法律规定。因此，原告提出的诉讼请求不合法。
原告主张被告违反了《人民调解协议书》第三条规定，要求被告填埋水井、清除晒*坪。然而，《人民调解协议书》是双方共同认可的合法有效协议，被告并未违约。根据协议规定，被告的房屋与泥土围墙的距离要求为4.7米，而实际距离为6.5米，远远超过协议要求。因此，被告不存在违约行为。
原告主张被告在门前挖井、建晒*坪，侵犯了其通行权，引发了相邻权纠纷。然而，在相邻关系中，处理相邻权纠纷并非依据当事人约定，而是根据法律规定，如《民法通则》、《民通意见》及相关司法解释。原告要求依据《人民调解协议书》处理相邻权纠纷是没有法律依据的。此外，在处理相邻权纠纷时，应遵循保护生产、方便生活、公平合理、团结互助的原则。被告在自己屋前打井和建晒*坪是为了方便生产和生活，且并未对原告的通行造成实际影响。因此，被告并未侵犯原告的通行权。
在处理相邻权纠纷的司法实践中，权利人行使权利造成相邻对方妨碍或损害，必须达到严重程度才构成相邻侵权。是否达到严重妨碍或损害，需要经过有司法鉴定资质的鉴定部门鉴定后得出结论。在本案中，被告井外围和晒*坪外围与已建泥土围墙的距离为4米，且通向村里的小路宽度不足2米，留出的通道达到2米宽度，不会对原告的通行造成实际影响。
综上所述，被告合法行使自己的权利，并未对原告的通行造成实际妨碍或损害。原告要求被告填埋水井、清除晒*坪的诉讼请求没有事实和法律依据。因此，请求法庭依法驳回原告的诉讼请求。
此致
xx县人民法院
XXXX律师事务所
代理人：XXXX
XXXX年XX月XX日
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