1、学校签三方协议是合法的，一般来说，三方协议是由学校作为见证，毕业生与用人单位签订的一份意向性协议，它具有法律效力，但不能替代劳动合同。三方协议的法律效力在毕业生到用人单位报到之后即告终止。如果用人单位违反三方协议的约定，毕业生可在学校的帮助下，追究用人单位的违约责任；
2、法律依据：《劳动合同法》第十九条第二款 同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。
1、即使是意向性协议，也不应签署多份。原因在于，意向性协议中，往往有不能签订正式劳动合同违约责任的条款，违约方将有可能据此被追究违约责任；
2、另外，毕业生尽量将单位的承诺如休假、住房补贴、解决户口、保险等写入备注栏。毕业生报到后，用人单位会与其签订一份正式的劳动合同，而该份劳动合同一般会向当地的劳动行政主管部门备案，作为双方形成劳动关系的依据；
3、首先，三方就业协议的目的在于统计毕业生就业率，而劳动合同在于明确劳资双方的权利义务关系；其次，三方协议一般是教育主管部门统一印制，作为劳动的合同的预合同而存在，约束签约日起至毕业生到用人单位报到止的这一段时间。而劳动合同则受《劳动法》和《劳动合同法》的限定和保护；再次，如三方协议在补充条款中未作出劳动合同内容的明确约定，则只能视为各方签订劳动合同预合同，不具有劳动合同的法律效力；
4、同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。三方协议签订后，毕业生可以就劳动合同的具体内容和用人单位进行协商，劳动合同是双方协商的产物，任何一方都不得把自己的意志强加于另一方。如认为试用期条款违法或不能接受，完全可以不与用人单位签订《劳动合同》，而另寻其他工作。
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