农村土地纠纷的处理程序如下：
当事人应本着尊重历史、尊重事实、兼顾现实的原则进行协商解决。
如果协商不成，当事人可以请求村委会、人民调解委员会进行调解。
如果调解不成，当事人可以请求乡政府或土地管理部门进行调查处理，进行权属确定。
如果当事人对人民政府作出的处理决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
对于土地侵权纠纷，可以采取以下处理方式：
当事人可以请求土地行政主管部门进行行政调处。
当事人也可以直接提起民事诉讼。
土地纠纷的处理原则是由国土资源管理机关进行调查处理。
根据《土地权属争议调查处理办法》第17号令的规定：
由争议土地所在地的县级国土资源行政主管部门进行调查处理。
个人之间、个人与单位之间的争议案件，可以由乡级人民政府受理和处理。
国土资源行政主管部门对受理的争议案件，应当在查清事实、分清权属关系的基础上先行调解，促使当事人以协商方式达成协议。调解应当坚持自愿、合法的原则。
调解达成协议后，应当制作调解书。调解书应当载明当事人的姓名或者名称、法定代表人姓名、职务；争议的主要事实；协议内容及其他有关事项。
调解书经双方当事人签名或者盖章，由承办人署名并加盖国土资源行政主管部门的印章后生效。生效的调解书具有法律效力，是土地登记的依据。
国土资源行政主管部门应当在调解书生效之日起15日内，依照民事诉讼法的规定，将调解书送达当事人，并同时抄报上一级国土资源行政主管部门。
如果调解未达成协议，国土资源行政主管部门应当及时提出调查处理意见，报同级人民政府作出处理决定。
国土资源行政主管部门应当自受理土地权属争议之日起6个月内提出调查处理意见。情况复杂、无法在规定时间内提出调查处理意见的，经主要负责人批准可以适当延长。
调查处理意见应当包括当事人的姓名或者名称、地址、法定代表人的姓名、职务；争议的事实、理由和要求；认定的事实和适用的法律、法规等依据；拟定的处理结论。
国土资源行政主管部门提出调查处理意见后，应当在5个工作日内报送同级人民政府，由人民政府下达处理决定。同时，调查处理意见抄报上一级国土资源行政主管部门。
当事人对人民政府作出的处理决定不服的，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
如果当事人既不申请行政复议，也不提起行政诉讼，在规定的时间内，处理决定即发生法律效力。生效的处理决定是土地登记的依据。
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