1、如果是员工擅自离职不对公司造成损失的，用人单位应当按照原工资标准及工作时间等计算工资，并于离职时支付或者在每月固定的时间支付。
2、如果造成损失的，可以扣减损失部分发放员工的工资。
3、法律依据：《工资支付暂行规定》
第十五条 用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
(1)用人单位代扣代缴的个人所得税;
(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;
(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;
(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
1、发出书面通知书：
（1）用人单位应当以书面形式送达通知书,限定员工在指定是时间内回公司上班；
（2）并提出如限期内不上班的处理措施。
2、作出辞退决定：
（1）当员工擅自离职达到可以辞退的标准时侯,用人单位应当将解除劳动关系的事宜公开；
（2）并以书面形式送达离职通知书给员工；
（3）通知员工前来办理交接工作以及离职手续。
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