刑事诉讼中的回避制度主要针对审判人员、检察人员和侦查人员与其所承办的案件或案件当事人之间的利害关系或其他特殊关系，以防止其对刑事案件的公正处理产生影响。然而，现行刑事诉讼法对于亲属和近亲属的定义较为狭窄，仅包括夫妻、父母、子女和同胞兄弟姊妹。实际上，姻亲关系以及与案件当事人关系密切的其他旁系血亲关系，例如祖父母、外祖父母、孙子女和外孙子女等，未被充分考虑。
刑事回避制度规定了几种情形，但法律并未明确规定由谁负责举证。根据一般诉讼原则的"谁主张，谁举证"原则，举证责任应当由当事人承担。然而，在当事人对案件承办人的基本情况了解不清的情况下，当事人很难提供充分的证据证明案件承办人是否符合回避条件。
现行回避制度主要维护的是单个司法人员的中立性和公正性。然而，如果主要负责人与案件存在利害关系甚至是案件的当事人，那么该单位的任何人员办理案件都难以保持中立性，其执法结论也难以产生公信力。目前，我国刑事诉讼法仅就个人回避作出了规定，而未就主要负责人个人回避后是否改变管辖权或单位回避（即"全体回避"）作出明确规定。
虽然刑事诉讼法对当事人申请回避和司法人员自行回避作出了规定，但对于司法人员应当回避而未回避所承担的责任并未作出严格规定。尽管刑事诉讼法规定，二审法院在审理过程中发现一审过程中司法人员应当回避而未回避的情况应撤销原判、发回重审，但该规定仅对案件本身具有约束力，未涉及个人承担后果的规定。对于司法人员明知具有应当自行回避的情形之一，故意不依法自行回避或对符合回避条件的申请故意不作出回避决定的情况，《检察人员任职回避和公务回避暂行办法》、《人民法院审判纪律处分办法》等虽然规定了相应的制裁措施，但仅限于批评教育、组织调整或纪律处分，责任过轻，难以有效制止故意违反回避制度的行为。
近年来，司法机关内部人员之间的交流日益频繁，然而刑事诉讼法对于这种交流回避并未作出明确规定。例如，曾在公安机关担任侦查工作的人员在调入检察机关后，是否可以担任该案的公诉人；负责案件起诉的检察人员在调入法院后，是否可以担任该案的审判人员等等。
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