农村建房合同纠纷诉至法院后，涉及的首要问题即是案由的确定问题。在审判实践中，有两种案由意见：
根据我国合同法第十六章对建设工程施工合同纠纷的规定以及最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的司法解释，农村建房合同纠纷的案由可以定性为建设工程施工合同。此时，适用的是相应的法律规定，案件的处理结果也会相应不同。
建设工程施工合同与农村建房合同纠纷的不同法律效果如下：
1. 合同效力：建设工程施工合同有效，而农村建房合同纠纷定性为建设工程施工合同后，由于农村建房的施工人一般是个体的泥工、瓦工等自行招募组织起来的个体施工队，缺乏相关资质，因此农村建房合同应为无效合同。
2. 工程量的计算：建设工程施工合同根据约定通过鉴定机构鉴定工程量，而农村建房合同纠纷定性为建设工程施工合同后，工程量的计算将按照约定进行。
3. 工程款的支付：建设工程施工合同根据司法解释的规定，支付工程款应按照约定进行，而农村建房合同纠纷定性为建设工程施工合同后，工程款的支付也将按照约定进行。
4. 工程质量责任：建设工程施工合同规定施工队不承担工程质量责任，而农村建房合同纠纷定性为建设工程施工合同后，施工队将按照约定承担工程质量责任。
5. 违约责任：建设工程施工合同双方无违约责任，而农村建房合同纠纷定性为建设工程施工合同后，双方将按照约定承担违约责任。
如果将农村建房合同纠纷的案由定性为承揽合同，根据合同法的规定，承揽人无需具备特别的资质，只要合同内容不违法，则农村建房合同纠纷定性为承揽合同的合同效力为有效合同。
综上所述，农村建房合同纠纷的案由定性为建设工程施工合同或承揽合同将产生不同的法律效果。根据具体情况和相关法律规定，法院将根据事实和法律进行判断并做出相应的判决。
农村建房合同纠纷的案由定性争议。一种意见认为可以定性为建设工程施工合同，涉及合同效力、工程量计算、工程款支付、工程质量责任和违约责任等方面的不同法律效果。另一种意见则认为可以定性为承揽合同。根据具体情况和相关法律规定，法院将做出相应判决。
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