在企业拆迁关停中，为了维护自身在拆迁过程中的利益，企业应选择合法的手段。合法的手段主要包括申请行政复议和提起行政诉讼两种。
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十六条的规定，如果房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内无法达成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确，房屋征收部门将向市、县级人民政府提出房屋征收决定，并在房屋征收范围内进行公告。被征收人对补偿决定不满意时，可以依法申请行政复议。
被征收人对补偿决定不服的情况下，也可以依法提起行政诉讼。
在实践中，停产停业损失的补偿方式具体分为以下几种：
例如，《南京市征地房屋拆迁补偿安置办法》规定，对于拆迁非住宅房屋造成停业的情况，属于营业用房的应给予不超过拆迁补偿款8%的补偿；属于非营业用房的应给予不超过拆迁补偿款5%的补偿。
上海的规定是，因拆迁造成停产停业损失的，补偿标准按照被拆除房屋建筑面积300-400元/m2计算，由拆迁当事人协商确定。
深圳的规定是，对于拆迁合法经营性房屋引起的停产、停业的情况，能提供完税证明的，给予3个月税后利润补偿；不能提供利润标准的，按照上年度同行业月平均税后利润额计算或者按照同类房屋市场租金，给予3个月的补偿。
根据《北京市国有土地上房屋征收停产停业损失补偿暂行办法》的规定：
(1) 非住宅房屋停产停业损失补偿评估的计算公式为：
停产停业损失补偿费 = (用于生产经营的非住宅房屋的月租金 + 月净利润 × 修正系数 + 员工月生活补助) × 停产停业补偿期限
(2) 用住宅房屋从事生产经营活动的情况下，按照实际经营面积每平方米给予800元至3000元一次性停产停业损失补偿费，具体标准由各区县房屋征收部门结合本地区实际情况确定。
一般是在确定税基后，根据营业年限确定相应的补偿倍数。
有资质的评估机构对停产停业损失进行评估，并按照评估结果进行补偿。
被拆迁人提供相关材料证明停产停业损失的数额与拆迁人进行协商确定，补偿期限为停产停业的时间。
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