有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权。特殊原因包括事实上和法律上的原因。事实上的原因指的是有管辖权的人民法院遇到了不可抗力的情况，如地震、水灾等无法行使管辖权的情况。法律上的原因指的是受诉法院的审判人员因当事人申请回避或者审判人员自行回避，无法组成合议庭对案件进行审理。当出现上述情况之一时，应由上级人民法院在其辖区内指定其他适宜的人民法院来行使管辖权。
当人民法院之间发生管辖权争议时，经双方协商未能解决争议，应报请它们的共同上级人民法院指定管辖。管辖权争议包括相互推诿或者相互争夺的情况。通常是因为法院之间辖区界限不明，或者对法律的规定理解不一致，也有因地方保护主义为其局部经济利益争先立案。不论属于哪种原因引起的争议，应由双方协商解决，协商不成时应报请它们的共同上级人民法院指定管辖。根据《意见》的规定，发生管辖权争议的两个人民法院因协商不成报请它们的共同上级人民法院指定管辖时，如双方为同属一个地、市辖区的基层人民法院，由该地、市的中级人民法院及时指定管辖;同属一个省、自治区、直辖市的两个人民法院，由该省、自治区、直辖市的高级人民法院及时指定管辖;如双方为跨省、自治区、直辖市的人民法院，高级人民法院协商不成的，由最高人民法院及时指定管辖。报请上级人民法院指定管辖时，应当逐级进行。上级人民法院依照《民事诉讼法》第37条的规定指定管辖时，应书面通知报送的人民法院和被指定的人民法院。报送的人民法院接到通知后，应及时告知当事人。
指定管辖在《民事诉讼法》和《行政处罚法》中都有相应的规定。
1、《民事诉讼法》第三十七条规定，有管辖权的人民法院由于特殊原因不能行使管辖权时，由上级人民法院指定管辖。人民法院之间因管辖权发生争议时，由争议双方协商解决；协商解决不了的，报请它们的共同上级人民法院指定管辖。
2、《民事诉讼法》第三十八条规定，上级人民法院有权审理下级人民法院管辖的第一审民事案件；确有必要将本院管辖的第一审民事案件交下级人民法院审理的，应当报请其上级人民法院批准。下级人民法院对它所管辖的第一审民事案件，认为需要由上级人民法院审理的，可以报请上级人民法院审理。
3、《行政处罚法》第21条规定，对管辖发生争议的情况，应报请共同的上一级行政机关指定管辖。所谓管辖争议，是指两个以上的机关或者组织在实施某一处罚上，发生互相推诿或互相争夺管辖权等现象。
4、最高人民法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释第17条规定，两个以上同级人民法院都有权管辖的案件，由最初受理的人民法院管辖。尚未开庭审判的，在必要的时候，可以移送被告人主要犯罪地的人民法院审判。对管辖权发生争议的，应当在审限内协商解决；协商不成的，由争议的人民法院分别逐级报请共同的上一级人民法院指定管辖。
5、最高人民法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释第18条规定，上级人民法院在必要的时候，可以将下级人民法院管辖的案件指定其他下级人民法院管辖。
6、最高人民法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释第19条规定，上级人民法院指定管辖时，应当将指定管辖决定书分别送达被指定管辖的人民法院和其他有关的人民法院。
7、最高人民法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释第20条规定，原受理案件的人民法院，在收到上级人民法院指定其他人民法院管辖决定书后，不再行使管辖权。对于公诉案件，应当书面通知提起公诉的人民检察院，并将全部案卷材料退回，同时书面通知当事人；对于自诉案件，应当将全部案卷材料移送被指定管辖的人民法院，并书面通知当事人。
被告人对上级指定管辖的案件能否提出异议的问题。新疆某工程建设有限责任公司起诉十四师水利建管处后，又提出管辖权异议，但被法院裁定驳回。文章详细阐述了管辖权异议和指定管辖的概念及相关规定，并分析了本案是否构成管辖权异议申请或指定管辖申请。最后，文章强调了
指定管辖决定书的撰写方式及相关规定。内容包括上级人民法院指定管辖的方式和分类，以及相关的法律解释和规定。涉及刑事案件管辖权的确定、管辖权的改变、移送案件等情形，并详细说明了指定管辖决定书的具体内容和要求。
我国民事诉讼中在二审期间是否允许提出管辖权异议的问题。根据法律规定，原则上不允许在二审期间提出管辖权异议，但涉及到级别管辖和专属管辖的特殊情况例外。当事人未在法定期限内提出异议并应诉答辩，法院将认定受诉法院具有管辖权。但需注意，此原则不适用于违反级别
特殊情况下人民法院管辖权的行使和争议解决方式。当无法行使管辖权时，上级法院会指定另一法院行使；如发生管辖权争议则双方应协商解决，无果则向上级法院报告并由其指定。上级法院有权审理下级法院管辖的第一审民事案件，或根据需要将案件交由下级法院审理并需报请批准
