有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权。特殊原因包括事实上和法律上的原因。事实上的原因指的是有管辖权的人民法院遇到了不可抗力的情况，如地震、水灾等无法行使管辖权的情况。法律上的原因指的是受诉法院的审判人员因当事人申请回避或者审判人员自行回避，无法组成合议庭对案件进行审理。当出现上述情况之一时，应由上级人民法院在其辖区内指定其他适宜的人民法院来行使管辖权。
当人民法院之间发生管辖权争议时，经双方协商未能解决争议，应报请它们的共同上级人民法院指定管辖。管辖权争议包括相互推诿或者相互争夺的情况。通常是因为法院之间辖区界限不明，或者对法律的规定理解不一致，也有因地方保护主义为其局部经济利益争先立案。不论属于哪种原因引起的争议，应由双方协商解决，协商不成时应报请它们的共同上级人民法院指定管辖。根据《意见》的规定，发生管辖权争议的两个人民法院因协商不成报请它们的共同上级人民法院指定管辖时，如双方为同属一个地、市辖区的基层人民法院，由该地、市的中级人民法院及时指定管辖;同属一个省、自治区、直辖市的两个人民法院，由该省、自治区、直辖市的高级人民法院及时指定管辖;如双方为跨省、自治区、直辖市的人民法院，高级人民法院协商不成的，由最高人民法院及时指定管辖。报请上级人民法院指定管辖时，应当逐级进行。上级人民法院依照《民事诉讼法》第37条的规定指定管辖时，应书面通知报送的人民法院和被指定的人民法院。报送的人民法院接到通知后，应及时告知当事人。
指定管辖在《民事诉讼法》和《行政处罚法》中都有相应的规定。
1、《民事诉讼法》第三十七条规定，有管辖权的人民法院由于特殊原因不能行使管辖权时，由上级人民法院指定管辖。人民法院之间因管辖权发生争议时，由争议双方协商解决；协商解决不了的，报请它们的共同上级人民法院指定管辖。
2、《民事诉讼法》第三十八条规定，上级人民法院有权审理下级人民法院管辖的第一审民事案件；确有必要将本院管辖的第一审民事案件交下级人民法院审理的，应当报请其上级人民法院批准。下级人民法院对它所管辖的第一审民事案件，认为需要由上级人民法院审理的，可以报请上级人民法院审理。
3、《行政处罚法》第21条规定，对管辖发生争议的情况，应报请共同的上一级行政机关指定管辖。所谓管辖争议，是指两个以上的机关或者组织在实施某一处罚上，发生互相推诿或互相争夺管辖权等现象。
4、最高人民法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释第17条规定，两个以上同级人民法院都有权管辖的案件，由最初受理的人民法院管辖。尚未开庭审判的，在必要的时候，可以移送被告人主要犯罪地的人民法院审判。对管辖权发生争议的，应当在审限内协商解决；协商不成的，由争议的人民法院分别逐级报请共同的上一级人民法院指定管辖。
5、最高人民法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释第18条规定，上级人民法院在必要的时候，可以将下级人民法院管辖的案件指定其他下级人民法院管辖。
6、最高人民法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释第19条规定，上级人民法院指定管辖时，应当将指定管辖决定书分别送达被指定管辖的人民法院和其他有关的人民法院。
7、最高人民法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释第20条规定，原受理案件的人民法院，在收到上级人民法院指定其他人民法院管辖决定书后，不再行使管辖权。对于公诉案件，应当书面通知提起公诉的人民检察院，并将全部案卷材料退回，同时书面通知当事人；对于自诉案件，应当将全部案卷材料移送被指定管辖的人民法院，并书面通知当事人。
刑事诉讼中的指定管辖权问题。当案件管辖不明或某法院不宜行使审判权时，上级法院可以指定下级法院审判或移送其他法院。分为两种情况：一是管辖不明导致互争或推诿时，应在规定审限内协商解决并报请上级法院指定管辖；二是当出现不宜行使审判权的情况时，上级法院应直接
根据《工伤保险条例》，广州市劳动和社会保障局发布通知，规定工伤认定管辖实行属地管辖、级别管辖和指定管辖相结合的原则。除复合伤病和法律规定的情形外，工伤认定工作委托各区劳动保障行政部门负责。番禺、花都区的用人单位职工复合伤病的工伤认定工作仍由区劳动保障
依据我国相关法律的规定，具有管辖权的基层人民法院因特殊原因不能行使管辖权的、基层人民法院就管辖权产生争议的，可以由中级人民法院指定管辖权。依照前款规定报请上级人民法院指定管辖时，应当逐级进行。级别管辖是上下级法院之间就一审案件审理方面的分工。
第十七条行政案件由最初作出具体行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。第十八条对限制人身自由的行政强制措施不服提起的诉讼，由被告所在地或者原告所在地人民法院管辖。第二十二条有管辖权的人民法院由于特殊原因不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。人民法院
