根据我国《民事诉讼法》及最高院司法解释的规定，合同纠纷的管辖权由被告住所地或合同履行地的人民法院来行使。如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的情况下，应由被告住所地的人民法院来行使管辖权。此外，根据法律规定，当事人在书面合同中可以协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地的人民法院来行使管辖权，但是协议不得违反民诉法对级别管辖和专属管辖的规定。
在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，则应适用其约定；如果没有约定或约定不明确，则应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地的人民法院来行使管辖权。
在股权转让纠纷中，被告所在地一般不会有歧义。而对于股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。这是因为，公司股权转让纠纷的特殊性在于转让行为需要向公司注册地的登记机关履行相应手续方可完成。因此，以公司注册地作为此类案件的管辖地也是国际上通行的做法。
A公司与B公司于2013年底签订了一份《产权交易合同》，该合同规定了A公司向B公司（国有企业）受让目标公司股权的事项，包括股权数量、股权转让款金额、交易方式及违约责任等。同时，合同还约定了如果政府相关部门未能审批通过此次股权交易，B公司应在收到A公司书面通知后的3日内退还全部股权转让款。合同中对争议解决方式的约定为“双方依法向上海有管辖权的人民法院起诉”。
A公司住所地在上海市X区，B公司住所地在北京市，目标公司住所地在上海市Y区，产权交易所住所地为上海市X区。2014年初，A公司按照合同约定向产权交易所支付了全部股权转让款。然而，到了2014年8月，股权转让交易未获得政府相关部门的审批。A公司得知该消息后向B公司进行了及时通报。B公司在收到书面通知后的第30日向A公司全额无息返还了股权转让款。然而，A公司认为B公司迟延返还股权转让款的行为构成违约，因此拟提起诉讼。
2015年2月4日，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》开始生效。
行政诉讼管辖权异议申请的时间限制及申请书的详细内容。申请应在收到起诉状副本之日起十五日内提出，包括文书名称、申请人的基本情况、案由等。正文需阐述申请对本案管辖的意见、主张及相关事实和理由，明确请求并将案情及异议理由相结合。尾部包括致送法院名称、签名、
合同诉讼管辖的分类，包括级别管辖、地域管辖、专属管辖和协议管辖。级别管辖按民事诉讼法的规定处理合同纠纷案件，地域管辖遵循”原告就被告”原则。专属管辖限于不动产和港口作业纠纷，协议管辖需遵守规定范围和要求。
民事案件与公诉程序的关系，明确指出民事案件不涉及公诉程序。公诉案件是由检察机关代表国家依法追究被告人刑事责任并提起诉讼的案件。文章还介绍了相关法律知识和人民检察院在审查案件时需要查明的事项。
依据我国相关法律的规定，签订股权转让协议时，在协议中是可以约定纠纷管辖法院的，但约定管辖权不得违反级别管辖和专属管辖的规定。第三十四条 合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争
