农村征地款纠纷涉及国家依法征用农民集体所有土地的问题，对农民集体经济组织和农民的生产、生活产生了重大影响。为了保护农民集体经济组织和农民的财产权益，国家制定了土地征用补偿制度。然而，在司法实践中，农村集体经济组织和农民在土地征用补偿费用分配上经常发生争议，如何确定纠纷中的主体问题成为困扰司法实践的难题。
根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，国家征地补偿费除被征地土地上属于个人的附着物和青苗补偿费外，其他部分收益人均为农民个人。因此，根据现有法律，可以从以下两个方面确定纠纷案件的主体：
一、征地补偿纠纷的行政诉讼案件主体的确定：
根据土地管理法的规定，人民政府在批准征用土地时确定用地单位和补偿标准，这些决定与农民个人利害关系密切。因此，被征地农民可以作为原告出庭，但如果农村集体经济组织提起行政诉讼，农民个人不应作为第三人出庭。此外，征用土地的使用人与政府之间形成了另一种法律关系，与政府征地行为没有直接的利害关系，因此，使用人没有参加诉讼的资格。
二、征地补偿纠纷的民事诉讼案件的主体：
根据土地管理法的规定，征地补偿费用的主体主要根据不同情况确定：
1. 地上青苗及附着物的补偿：只有被征用土地的使用权人，即承包该地的农民个人有权主张。
2. 新菜地开发基金的主张：由有管理权的土地管理部门作为主体。
3. 土地补偿费和安置补助费的直接请求权：农村集体经济组织作为主体。
4. 没有重新分配土地或合理安置被征地农民的情况：土地补偿费和安置补助费应归农民所有。
5. 对被征地农民进行就业安置的情况：安置补助费应归安置单位所有。
综上所述，根据现行法律规定，农民个人、农村集体经济组织和土地管理部门等均可能成为农村征地款纠纷案件的主体。
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