日本农业在许多方面与中国具有相似的特点。然而，由于低自给率和高农业进口，日本农业缺乏竞争力。从70年代开始，除了大米之外，日本的其他农产品自给率逐渐降低。到1998年，按供给热量计算，自给率仅为41%，而按粮食供给计算，自给率仅为29%。与其他国家相比，日本是农产品自给率最低的国家之一。此外，日本每年进口大约260亿美元的农产品，成为世界最大的农产品进口国。过低的自给率引起了日本国内的担忧。
多年来，日本的农产品价格远高于国际价格，导致失去了国际竞争力。例如，日本产的大米价格是美国的5.6倍，泰国的9.5倍。这种巨大价差的原因之一是相对高昂的生产成本费用。日本农户的平均经营规模与美国相差140倍，导致日本大米的平均生产成本比美国高10倍。与泰国相比，日本的生产技术更先进，单产更高，但是劳动力工资却高出近40倍，使得日本大米的生产成本比泰国高16倍左右。由于土地资源和劳动力成本的差异，日本大米已经完全失去国际竞争力。一旦市场开放，日本农业将面临廉价外国农产品的冲击。
不管情愿与否，日本的农业最终还是被卷入了贸易自由化的潮流。尽管日本在乌拉圭回合谈判中强调了自身的困难，如粮食安全保障和农业在环境保护中的作用，但这些申辩没有奏效。日本不得不在开放农产品市场上做出让步，接受乌拉圭回合达成的农业协定。
根据该协定，日本在撤除非关税贸易壁垒和开放国内市场方面作出了重要的承诺。首先，日本暂不对大米实行关税化，但必须按照比例提高最低市场准入量，即在1995年必须进口国内消费量的4%，到2000年必须达到国内消费量的8%。此外，粮食厅对进口大米的差价收益只能征收上限为292日元的收费。然而，由于进口大米的压力和下一轮谈判的策略考虑，日本政府决定取消关税特例措施，并对大米实行关税化措施。其次，对于大米以外的农产品，如小麦、大麦、落花生等，日本全部实行关税化，按照农业协定规定的基准年份国内外差价计算关税率。由于按差价额计算的关税率较高，民间自由进口的可能性不大，基本上保持了原来的贸易形式。
WTO农业协定的实施给原本就缺乏国际竞争力的日本农业带来了巨大的冲击。特别是最低市场准入量的进口大米对日本国内长期过剩的供需局面和生产调整政策造成了巨大影响。而且这些冲击还只是个开始，欧美及其他出口国对日本农产品市场的开放程度并不满意，日本政府也预感到，下一轮WTO谈判中，这些国家将进一步提出开放市场的要求。面对这样的外部压力，日本政府从乌拉圭回合谈判达成协议后就开始调整国内农业政策。
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