劳动合同期限是指劳动合同的有效期限，即劳动者为单位工作的期限。而服务期是劳动者与用人单位约定，在用人单位提供专项培训费用并进行专业技术培训的情况下，劳动者必须为用人单位提供服务的期限。
根据《劳动合同法》的规定，用人单位可以与劳动者约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应按照约定向用人单位支付违约金，违约金不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
王某与该民营公司签订了为期3年的劳动合同，并在2005年9月签订了培训协议。根据培训协议的约定，王某接受培训后必须再为公司工作5年，如果要离开公司，需要赔偿公司培训费用3万元。
2007年9月，王某与公司的劳动合同到期，王某提出终止劳动合同，而公司认为王某的服务期还未满，要求王某继续工作，否则需要赔偿4万元的培训费用。
根据劳动合同法的规定，王某与民营公司签订的培训协议是合法有效的。因此，王某在劳动合同期满而服务期未满时要求终止劳动合同，属于违反培训协议的行为，应承担违约责任，向公司支付违约金。
根据王某已经为公司工作了三年，剩余二年的情况，具体的违约金金额应按照剩余年限的比例来计算，即3×2/5=1.2万元。当然，支付金额也可以少于这个数额。
因此，根据法律规定，王某应依据培训协议承担赔偿责任，并支付1.2万元的违约金。
关于事实劳动关系解除是否应该支付经济补偿金的问题。根据最高人民法院的规定，劳动者在劳动合同期满后仍留在原用人单位工作且用人单位未提出异议，视为双方以原条件继续履行劳动合同，此时劳动者并不享有获得经济补偿金的权利。只有在其中一方提出终止劳动关系的情况下
劳动法和劳动合同法中关于劳动合同终止时是否需要支付经济补偿金的规定。劳动合同期满终止，用人单位同意续订并维持或提高条件，劳动者不同意的情况下，用人单位不需支付经济补偿。但如用人单位降低条件或不同意续订，需支付经济补偿。特殊情况下，如合同到期涉及职业病
用人单位与职工终止、解除劳动合同后未按规定及时转移档案的处理办法
用人单位与职工终止或解除劳动合同后，如何转移档案的问题。根据市劳动保障局的规定，用人单位应及时转移失业人员档案，具体规定包括有证明或处理决定的情况、自动离职、开除、除名、辞退等处理情况，以及没有劳动合同或工作关系的人员、出国定居人员的档案转移方式。对
劳动合同的终止及其相关情况。劳动合同的终止可以是期限届满或根据当事人约定的条件终止。对于特定情况下的劳动者，如医疗期、孕期、产期和哺乳期内的员工，合同期限会相应延续。劳动合同终止后，用人单位需依法办理相关手续，终止劳动合同中双方确定的劳动权利和义务关
