1. 耕地上建厂对土地造成严重损害，恢复困难。
农田租出后，工厂建设会产生大量污水，直接渗入地下，对农田造成永久损害。即使土地被返还，之前的非农业建设对耕地肥力、质量和周边环境都会产生一定影响。农民还需要经过长时间的休耕来帮助土壤恢复肥力。
2. 遇到政府严查时，农民承担毁约损失。
很多以租代征方式取得农民土地的建设项目被紧急叫停，要求恢复耕地，损失往往由出租土地的农民承担。这导致农民朋友无法维权，有苦说不出。
3. 租金较低，租地收益不如种地，容易引发纠纷，且法律保护有限。
近年来，农村种地的各项税收被取消，农民耕地基本无负担。此外，国家还发放耕地补贴以鼓励农民耕种。加上农民自己种地的收益，实际收入远高于租出去的土地。然而，当农民要求提高租金时，一般企业很少提高甚至难以收回租金。这容易引发纠纷，而农民在法律上受到的保护有限。
4. 假借签字私自征地，维权困难。
一些不良企业与政府内部人员串通一气，拿着农民同意租地的协议，谎称农民同意征地，并私自办理土地征用手续。这可能导致农民失去土地，并且无法维权。
根据我国土地管理法规定，国家实行土地用途管理制度。国家编制土地利用总体规划，规定土地用途，严格限制农用地转为建设用地，控制建设用地总量。对于涉及农用地转为建设用地的建设占用土地，应办理农用地转用审批手续。因此，未经依法进行农用地转用审批的国家机关工作人员应受到严厉处罚。而单位和个人擅自与农民集体组织签订租地协议，将农民集体土地用于非农业建设，对于用地者而言也属于非法占地行为，应受到严厉处理。
农民自愿被纳入“以租代征”的非法占地“利益链”既与地方政府的暗中支持有关，也与征地补偿法律制度有关。尽管国家提高了耕地占用补偿标准，但许多农民仍认为标准过低，因此宁愿出租土地也不愿被征用。根据现行法律，征用土地补偿费和劳动力安置补助费都按照被征用土地前3年的平均年产值计算。然而，将农地年产值作为补偿标准的基准并不科学。实际上，土地补偿费的确定应取决于被征地所处区位、区域基础设施以及经济发展状况，而与土地年产值关联性不大。由于农产品价格涨幅缓慢，尽管目前城市用地价格飞涨，农村征地补偿与被征地价值严重背离。
以上是对以租代征违法行为对农民权益的危害及法律原因的解析。如果读者需要法律咨询，请访问手心律师网。
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