公益诉讼的目的是为了保护社会公共利益，而调解、和解涉及到当事人权益的处分和意思自治，这就涉及公平正义和自由的平衡。对于公益诉讼中侵权事实清楚责任明确的情况，对具体的责任履行方式、时间、损害赔付数额等双方可协商一致，经人民法院审查确未损害社会公共利益、国家利益和他人合法利益的，可以对和解或调解协议予以确认。
但是因公益诉讼系代表人之诉，为防止原被告双方私下利益勾兑损害他方利益，民诉法司法解释在调解程序上特别规定人民法院应当将调解、和解协议进行公告，目的是使公众知晓协议内容，以便及时对损害社会公共利益的行为行使监督权。同样基于此原因，双方当事人达成协议后申请撤诉的，人民法院应不予准许。
《最高人民法院关于审理环境民事公益诉讼案件适用法律若干问题的解释》
第二十五条 环境民事公益诉讼当事人达成调解协议或者自行达成和解协议后，人民法院应当将协议内容公告，公告期间不少于三十日。
公告期满后，人民法院审查认为调解协议或者和解协议的内容不损害社会公共利益的，应当出具调解书。当事人以达成和解协议为由申请撤诉的，不予准许。
调解书应当写明诉讼请求、案件的基本事实和协议内容，并应当公开。
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