加害人承担的举证责任包括两个方面：
1.法律规定的免责事由：(1)不可抗拒的自然灾害。《环境保护法》规定，完全由于不可抗拒的自然灾害，并及时采取合理措施，仍然不能避免造成环境污染损害的，免予承担责任。加害人不但要证明自然灾害的发生，是引起损害的全部原因，而且要证明自己采取了合理的措施。否则，木能免除加害人的责任。(2)第三人的过错。如果环境污染的发生完全由第三人的故意或过失造成的，由第三人承担责任。(3)受害人的过错。《水污染防治法》规定，如果损害的发生是由于受害人自身的过错所至，排污单位不承担责任。
2.受害人的损害结果与加害人自身行为不存在因果关系。环境污染引起的损害不同于二般的侵权诉讼，其内在的因果关系常常需要非常专业的人员，利用先进的仪器设备方能做出判断和解释，而加害人比受害人更具有举证能力和条件。因此，法律规定对因果关系采取举证责任倒置，由加害人承担起污染行为与损害后果之间不存在因果关系的举证责任，这样也有利于最大程度上实现实质的公平和正义。
依据指引：
①《中华人民共和国民法通则》(1986年4月12日)
第一百二十四条违反国家保护环境防止污染的规定，污染环境造成他人损害的，应当依法承担民事责任。
②《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法》若干问题的意见》(1992年7月14日)
74.在诉讼中，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。但在下列侵权诉讼中.对原告提出的侵权事实。被告否认的，由被告负责举证：
(3)因环境污染引起的损害赔偿诉讼;
③《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》(2001年12月21日)
第四条下列侵权诉讼，按照以下规定承担举证责任.
(三)因环境污染引起的损害赔偿诉讼，由加害人就法律规定的免责事由及其行为与损害结果之间不存在因果关系承担举证责任：
公司因违反环保法规被处罚时是否可以扣除劳动者工资的问题。根据《中华人民共和国劳动法》相关规定，公司不得克扣或无故拖欠劳动者工资，因此，公司因环保违规被处罚时不能扣除劳动者工资。如发生克扣工资的情况，劳动者可以向劳动部门投诉。
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