内部控制审计和财务报表审计有多个共同点：
虽然内部控制审计和财务报表审计各有侧重，但它们的终极目的都是提高财务报表预期使用者对财务报表的信赖程度。
内部控制审计和财务报表审计都采用风险导向审计方法。注册会计师首先进行风险评估，识别和评估财务报表重大错报风险，并设计和实施应对措施，获取充分、适当的审计证据。
注册会计师在财务报表审计和内部控制审计中都运用重要性水平，以计划和执行审计工作，并评价错报和内部控制缺陷对审计的影响，获取合理保证。
财务报表审计和内部控制审计在识别重要账户、列报及其相关认定时应当相同。
财务报表审计和内部控制审计都可能实施询问、观察、检查以及重新执行等程序，以了解和测试内部控制的设计和运行有效性。
内部控制审计和财务报表审计存在以下区别：
财务报表审计了解和测试内部控制是为了识别、评估和应对重大错报风险，支持对财务报表发表审计意见；内部控制审计了解和测试内部控制是为了发表对内部控制有效性的审计意见。
在财务报表审计中，根据评估的认定层次重大错报风险的不同，注册会计师可能选择采用实质性方案或综合性方案。在实质性方案下，注册会计师可以不测试内部控制的运行有效性；在综合性方案下，注册会计师需要测试内部控制的运行有效性。而在内部控制审计中，注册会计师应当对所有重要账户和列报的相关认定获取控制设计和运行有效性的审计证据。
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