建立现代企业制度不仅仅适用于国有企业，也适用于乡镇企业。现代企业制度的核心原则可以总结为“产权清晰，权责分明，政企分开，管理科学”。产权清晰赋予企业动力，权责分明给予企业压力，政企分开赋予企业活力，管理科学增强企业实力。加强科学管理，建立和完善内部会计控制制度，建立适应社会主义市场经济条件下企业自主经营、自我约束、自负盈亏、自我发展的运行机制，已经越来越显示出其重要性和必要性。内部会计控制是现代企业必不可少的一种有效管理手段，在这方面乡镇企业恰恰是最大的薄弱环节，《会计法》指出：“各单位应当建立、健全本单位内部会计监督制度。”本单位内部会计监督制度实际上就是内部控制制度。
内部控制是指企业职能部门之间的一种职责分工制度，相互联系、相互依存、相互制约、相互牵制在全生产经营过程中。内部控制制度包括职能分离、授权程序、会计记录、财产实物控制以及内部审计制度等方面的内容。
内部控制一般分为两种：
内部行政控制是指企业整个生产经营过程的控制，主要关注经营效率和管理方针的贯彻。
内部会计制度是指与会计记录和会计报告的真实性和可靠性有关的控制，以及财产实物内部控制制度和内部审计制度等。内部会计控制制度要求任何经济业务的处理都不能由一个部门或一个人独自完成，必须经过两个部门或两个人员共同完成，实现会计、出纳分管，钱财分管，钱物分管，起到互相监督、互相牵制的作用。
建立内部会计控制制度是社会扩大再生产和市场经济发展的需要，也是现代企业法人制度、产权制度、管理制度的结合和统一。经营者为了承担资本增值保值的责任，投资者为了确保投资不受损失，要求企业建立会计内控制度，因此乡镇企业建立内部会计控制制度是当务之急。
内部会计控制制度的建立具有以下积极作用：
通过建立内部会计控制制度，可以克服财产物资管理混乱，避免财产物资损失浪费。
建立内部会计控制制度有助于将会计信息的差错和失误减少到最低限度，保证会计信息资料的真实可靠。
一个健全的内部会计控制制度有利于企业按照既定方针进行经营活动，实现经营目标。
内部会计控制制度可以使企业各个职能部门相互协调、相互制约，各司其职、各负其责，提高业务处理的工作效率。
针对乡镇企业的特点，建立内部会计控制制度的基础工作主要包括：
统一各项原始记录的内容、格式和填制方法，明确有关人员的职责，确保原始记录的真实性、完整性和可靠性，这是做好内部控制工作的前提。
制定详细规定，管理所有库存物资、委托加工器材、在途材料、燃料、低值易耗品、外购商品、自制半成品、产成品以及发出商品，确保操作便利。
特别是对固定资产的购建、调拨、出售要建立台账，并建立设备维修保养制度、工具低耗品领用保管制度、财产物资盘存制度、账账、账物、账表核对制度、盘盈、盘亏、报废权限责任制度等。对账实动态，做到清晰明了。
逐步推行全面质量管理制度（TQC），配备计量器具和检测手段，采取分级验量和质检制度，争取上等级并取得国家计量部门的确认。
核定人员编制，执行国家各类费用定额、劳动定额、材料消耗定额、材料储备定额以及设备完好与利用定额等。
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