专项资金是指国内或国外政府为支持特定项目而拨付的资金。根据其性质和特征，可以总结如下：
国内或国外政府对某一项目的扶持所拨给的资金无需偿还。
国内和国外政府对某一项目扶持的专项低息贷款需要偿还。
专项资金的来源渠道多样，使用范围广泛，需要层层分解和下拨，通过各级财政拨付中转到项目单位。
专项资金使用后，必须达到预期目标，凸显其作用。
国家对专项资金的拨放不是普遍的，而是针对某一行业或某一地区的专门项目而拨或贷的资金，因此具有很强的区域性和专项性。
尽管各级审计人员长期以来认真进行艰苦努力工作，为确保国家资金安全做了大量有益的工作，取得了可喜的业绩，但专项资金审计仍然存在一些问题，导致与国家的目标存在一定的差距。这些问题主要表现为：
每个专项资金使用前，通常会发生与项目相关的前期费用，但这些费用往往在项目资金到账后才支付，审计时无法界定其合理性、合法性，甚至可能涉及违法违规行为。
由于专项资金来源渠道复杂，需要经过多个主管部门的层层审批和下拨，往往导致资金被层层挪用或变相使用，基层审计部门难以掌握这种情况。
有些项目资金到达项目目的地后，地方领导批准改变使用途径，甚至出现“内部”文件作为集体决策的依据，审计人员无法审查其真实性。
一些项目资金由于使用范围广泛，如果监督不到位，可能导致一些权力人员以国家政策为由，将资金拨给私营(外商)企业。如果使用合法，无可非议，但如果以“人情”、“暗股”等方式拨贷，就可能滋生腐败。由于外商私营企业难以审计，即使进行审计也需办理繁琐手续，因此很少有人愿意承担风险。
针对专项资金审计存在的问题，审计部门应采取相应的措施和方法，解决这些问题，并着重以下几个方面：
建议项目最高权力的部门制定相关规定，以制度管控前期费用，防止过度和滥用，确保资金有效使用在项目上。
对于各级项目资金经过部门挪用、截留等情况，各级审计部门要密切配合，追回资金，严肃查处，确保资金使用安全。
对于违反专项资金使用的部门和责任人，要加大公告力度，坚持追究审批人员和责任人员的责任，加大处罚力度，增强法律的震慑力。
加大对专项资金的审计力度，增加资金使用的透明度，对于使用了这些资金的外商(私营)企业必须接受审计监督，取消外商使用专项资金免检的“豁免权”。各级政府应高度重视专项资金审计，提高资金使用的效率，消除审计中的“盲点”，确保专项资金安全有效使用，为建设和谐社会发挥应有的作用。
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