由于长期受传统财务收支审计的影响，许多人对绩效审计的了解不足。在审计工作中，很少有人主动关注绩效审计的内容，甚至一提到绩效审计就感到陌生和困惑，认为无法实施。有些人认为在现有条件下，根本没有进行绩效审计的能力；有些人认为绩效审计主要是西方国家的产物，不适合中国的国情，而且在当前审计任务繁重的情况下，并不必要进行绩效审计。同时，由于大部分审计人员对绩效审计的认知仅限于表面，对其实质知之甚少，对如何操作更是知之甚少，导致绩效审计工作进展缓慢，效果不明显。目前为止，甘肃省除了在1996年对某亏损企业进行了效益审计试点外，之后再没有进行全面的国有企业绩效审计。在常规企业财务收支审计项目中，涉及绩效审计的内容也非常有限。如果继续这样下去，将很难实现审计署规划到2012年所有审计项目都开展绩效审计的目标要求。
《审计法》、《审计法实施条例》、《审计准则》等法律法规对绩效审计的规定过于简单，缺乏具体操作性和指导性，导致评价标准不统一，审计人员在进行专业判断时缺乏依据。同时，受审计人员的知识结构、阅历、综合素质等影响，不同的审计人员收集的审计证据的角度和评价结论也常常不同，增加了审计结果的不确定性，从一定程度上增加了审计风险。同时，绩效审计结果的运用并不像落实审计决定那样具有刚性，绩效审计结果可能会被忽视或难以利用，影响了绩效审计的效果，并挫伤了审计人员的积极性。
由于企业经济活动的复杂性，企业绩效审计相对于其他专业审计具有业务复杂、技术要求高、工作量大等特点。开展企业绩效审计不仅要检查企业经济活动的真实合法性，还要检查评价国有企业资源的消耗、利用和配置状况以及营利目标的实现程度。绩效审计旨在评价企业经济活动的经济性、效率性和效果性，以此评价企业经济活动是否实现了最少的资源消耗、最大的资源利用和最佳的目标成果。这对审计人员的专业素质和综合分析能力要求很高，审计团队需要优化、科学、合理的知识结构。目前，我国审计人员大多是学习财务和审计专业出身，审计团队很少有工程技术类的人员。审计人员凭借自身努力学习其他专业知识的能力和条件有限，导致工程及管理、计算机等其他专业人才匮乏，很难得出深度、全面、有价值的绩效审计结论。在实际工作中，主要依靠和利用相关部门组织的验收、鉴定等结论或被审计单位的计量数据等进行绩效分析评价。如果相关部门工作滞后，被审计单位基础工作差，将无法实现绩效审计的目标。
审计过程中关于确认、评价与控制或有负债的相关方针、政策和工作程序。审计师需向被审计单位管理当局了解相关事项，获取相关文件和凭证，并与银行、法律顾问和律师进行函证。同时，还需复核税务报告、会议记录和审计工作底稿等，以确定会计报表披露的或有负债是否恰当，
根据上述资产、负债状况，对调整后的未分配利润等确认企业的所有者权益。对非国有企业的破产前审计，还应查实其实收资本、资本公积的真实性。由于此项审计只是提供给有关部门对被审计单位的破产前的财务状况的参考，故对其应核、转销的事项，如待摊费用、待处理资产损失
国有企业转制，国有资产控股公司是主体，它是国有资产的授权代表。审计作为企业转制工作的一个重要组成部分，应由控股公司的审计职能部门负责。无论采用何种方式，控股公司审计部门应该直接参与企业活动，并监督其全过程。
拟改制的企业应委托具有资质的中介机构进行资产清查审计,对核损后的存量资产进行资产评估，并报国有资产管理部门核准或者备案，确认国有资产价值量。在资产评估的基础上，制定《企业改制方案》和《职工安置方案》。《企业改制方案》和《职工安置方案》提交企业决策层通
