根据我国相关法律的规定，如果劳动合同中明确约定了在工资中扣除住宿伙食费用的情况，用人单位在工资中扣除的行为是合法的。
根据《中华人民共和国工资支付暂行条例》第十五条的规定，用人单位不得克扣劳动者工资。然而，在以下情况下，用人单位可以代扣劳动者工资：
当用人单位无故克扣劳动者工资时，劳动者可以采取以下措施：
劳动者可以向用人单位内部设立的劳动争议调节委员会申请调解，寻求解决工资纠纷的途径。
如果调解未能达成一致或者不经过调解，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，寻求工资纠纷的解决。
如果对仲裁裁决不满意，劳动者可以向人民法院提起诉讼。需要注意的是，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁是提起诉讼的必要程序。
根据《劳动法》第91条或者《劳动合同法》第85条及《违反中华人民共和国劳动法行政处罚办法》第6条的规定，对用人单位有克扣、拖欠劳动者工资、低于最低工资标准支付劳动报酬、安排加班不支付加班费的情况，劳动行政部门有权责令用人单位限期支付劳动报酬、加班费或经济补偿。
如果劳动报酬低于当地最低工资标准，用人单位应当支付差额部分。如果用人单位逾期不支付，劳动行政部门可以责令用人单位按应付金额的百分之五十以上但不超过百分之一百的标准向劳动者加付赔偿金。
用人单位与劳动者可以协商一致解除劳动合同的情况及相关法律规定。当劳动者存在某些主观过错或特定情形时，用人单位可以合法解除劳动合同，但需提前通知或支付额外工资。同时，用人单位在濒临破产或生产经营困难时也可依法裁员。例外情形下，用人单位不得解除劳动合同。
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