根据企业会计制度的规定，加班费应计入工资薪金收入之中。
根据个人所得税法实施条例的规定，工资、薪金所得包括个人因任职或受雇而获取的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或受雇有关的其他所得。
因此，根据法律规定，加班费应计入工资收入并扣缴个人所得税是合法的。
根据个人所得税法实施条例第十三条的规定，国家统一规定发放的补贴、津贴是指根据国务院规定发放的政府特殊津贴、院士津贴、资深院士津贴以及免征个人所得税的其他补贴、津贴。
因此，加班工资不属于国家统一规定发放的补贴津贴，应纳入工薪收入并依法征税。
国家税务总局纳税服务司在2012年2月20日针对“节假日加班工资是否缴纳个税”的问题进行了解答。
个人在国家法定节假日加班获取两倍或三倍的加班工资，不属于“按照国家统一规定发放的补贴、津贴”，因此免缴个人所得税。
根据我国个税法的规定，国家统一规定发放的补贴、津贴是指根据国务院规定发放的政府特殊津贴、院士津贴、资深院士津贴以及国务院规定免征个人所得税的其他补贴、津贴。
因此，加班工资不属于国家统一规定发放的补贴津贴，应纳入工薪收入并依法征税。
以上是关于加班费是否应计入工资收入并扣税的合法性问题的全部内容。根据法律规定，对加班费进行纳税是合法且合理的行为。如有更多法律问题，欢迎咨询相关律师获取专业解答。
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